PALM và STORM có cùng một nguyên lý. Chúng khác nhau về một vài chi tiết kĩ thuật.Về mặt kĩ thuật, PALM sử dụng phân tử quang hoạt là protein phát quang, STORM sử dụng chất phát quang hữu cơ.Cả hai loại phân tử này đều được điều khiển trạng thái ON - OFF bằng ánh sáng. Trong PALM, phân tử phát quang thường chỉ bật một lần sau đó bị tẩy quang. Ngược lại trong STORM phân tử phát quang có thể được bật nhiều lần một cách ngẫu nhiên.

Một số nghiên cứu đã được tiến hành nhằm khảo sát khả năng sử dụng PALM để định lượng số protein phát quang có trong mẫu bằng cách đếm các hạt quang hoạt[11].[20][21]